（2007年2月〜5月放送）
| 話数 | サブタイトル | 備考 |
|---|---|---|
| MISSION-01- | 謎のダンクーガ | DVD第1巻 収録 |
| MISSION-02- | 超獣合神！ | |
| MISSION-03- | 導きの剣 | DVD第2巻 収録 |
| MISSION-04- | 紅いダンクーガ | |
| MISSION-05- | 嘆きの魔壁 | DVD第3巻 収録 |
| MISSION-06- | 未知の襲撃 | |
| MISSION-07- | 激突!!ダンクーガ対ダンクーガ | DVD第4巻 収録 |
| MISSION-08- | 過去からの脱出 | 次回予告 DVD第4巻 収録 |
| MISSION-09- | 神獣覚醒 | DVD第5巻 収録 |
| MISSION-10- | 熱情の暴走！ | |
| MISSION-11- | 粉砕？龍牙島！ | DVD第6巻 収録 |
| MISSION-12- | 未来への飛翔 |